哈尔滨工程大学全宗主要是1994年学校更名为哈尔滨工程大学之后的档案，截止2024年底档案总卷数为279,754卷（件）。全宗严格按照国家规范分类管理，主要包含：党群类档案记录学校党委及各级组织（如纪委、组织部、工会、团委等）在党建、思想教育、组织发展、干部管理、群团活动等方面形成的文件，如会议记录、决定、党员名册、宣传材料、工会及团代会文件；行政类档案涵盖行政管理运行，包括校务会议记录、发展规划、机构编制、人事任免、教职工管理（招聘、考核、奖惩）、规章制度、统计报表、外事工作及后勤安保材料；教学类档案包含本专科及研究生招生录取、学籍管理、教学计划大纲、课程表、教材建设、教学成果、实践教学、学位授予以及继续教育等全过程材料；科研类档案记载科学研究活动，涉及科研项目（国家、省部、横向）的立项、合同、研究计划、实验记录、报告总结、成果（论文、专利、软件著作权）鉴定验收及获奖材料；产品类档案主要指产学研结合中的技术开发、产品试制文件，如设计图纸、工艺文件、测试鉴定报告、用户反馈及校办产业相关材料；基建类档案完整保存校园规划、建筑及基础设施从立项到竣工的全套文件，包括项目批文、勘探报告、设计图纸（含变更）、招标合同、施工监理记录、竣工验收及维修材料；设备类档案主要针对大型贵重设备，包含购置论证、采购合同、验收调试记录、说明书图纸、运行维修及报废处置文件；出版类档案汇集学校主办刊物的出版计划、审稿意见、合同、样本以及校内重要报纸简报；财会类档案含会计凭证账簿、财务预决算报表、工资清册、审计报告及移交销毁清册；实物类档案包括重要奖状奖杯、任命书、校牌校徽印章（含作废）、纪念性赠品题词字画；声像类档案以视听形式记录重要活动、校园风貌、杰出人物及教学科研实况的照片、底片、录音录像、光盘及数字文件。